1.污染環(huán)境。據計算，大量使用的農藥，大約只有0.1%作用于有害生物，其余99.9%或附著(zhù)在農作物上，或散布到土壤里，或飄散在大氣中，或通過(guò)降雨等從地表徑流進(jìn)入地表水和地下水，污染水體、土壤和整個(gè)生態(tài)系統。有些農藥可通過(guò)食物鏈的富集作用而逐級濃縮達到很高濃度。我國20%的耕地受到污染，80%淡水水體的水質(zhì)超標，50%的地下水被污染，40%飲用水的水源不合格，而大氣質(zhì)量完全符合世界衛生組織標準的城市只有1%；在污染源中，70%為化學(xué)物質(zhì)；而在對人畜影響最大的12種有機污染物中，農藥占8種，即農藥占污染源的一半以上。

    2.誤傷非靶動(dòng)物。在自然界中，人類(lèi)視為有害的動(dòng)物只占很少部分，多數無(wú)害，另有少數有益。目前所用的農藥，多數特異性差，殺傷譜廣，以致在殺傷有害生物的同時(shí)或以后，殃及許多無(wú)害甚至有益生物，包括有害生物的天敵。生態(tài)系統中許多物種的種群密度在短時(shí)間內反常下降，破壞了原有平衡。原有的有害生物天敵由于食物驟減而相應減少，控制有害生物的作用下降，導致有害生物數量的反彈。

    3.有害生物抗藥性嚴重。自1908年首次發(fā)同農業(yè)害早對石硫合劑產(chǎn)生抗藥性后，隨著(zhù)農藥品種和用量的增加，有害生物的抗藥性日益嚴重。據統計，全球已產(chǎn)生抗藥性的害蟲(chóng)，1970年為224種，1976年為364種，1978年達414種，1980年為428種，至1989年已達504種；估計目前已超過(guò)600種。我國從1980年應用防治家蠅，5年后，個(gè)別地方家蠅的抗藥強度已在萬(wàn)倍以上?？顾幮缘漠a(chǎn)生和加強，不僅影響防治效果，被迫提高使用濃度，增加了成本，對非靶動(dòng)物的傷害和環(huán)境的污染也相應加重。